Horserødlejren blev opført i perioden december 1916 til 1. maj 1917, hvor lejren blev åbnet til internering af russiske krigsfanger og var med sine 90 barakker Danmarks næststørste hospital. Allerede ved åbningen blev 300 officerer og 1200 menige og underofficerer interneret. I 1918 blev yderligere 500 franske, italienske og belgiske krigsfanger interneret, således at lejren rummede ca. 2000 krigsfanger.

Således planlagdes “Lazaretlejren ved Horserød” i vinteren 1916/17.
Bygningerne i “trekanten” længst mod nordvest var officerernes barakker, medens de mange ens barakker øst herfor skulle tilhøre mandskabet – d.v.s. de almindelige soldater. Bygningerne nord for den nuværende “Esrumvej” var dels til lægerne, dels til vagtmandskabet. Bygningerne længst mod øst var isolationsafdelingen.

I 1920 blev lejren overtaget af generalkonsul Jens Olsen, som i humanitært henblik brugte lejren til ferieophold for sønderjyske børn.

I 1923 blev Horserødlejren sat på offentlig auktion, hvorved 60 barakker blev solgt til et beløb af ca. 151.000 kr.

Frem til 1940 virkede lejren som svagbørnskoloni, ophold for døvstumme børn, spejdere, svagelige husmødre m.v

19. april 1940 blev de første af i alt 80 tyske emigranter interneret, og 2. august 1941 blev de sidste 41 sendt til Tyskland. En krigsret i Hamburg idømte 14 dødsstraf medens resten blev sendt i Kz-lejr.

22. juni 1941 blev de første 107 af i alt 250 danske kommunister interneret i lejren, mens det var først ved lovændringen 22. august 1941, at der lovmæssigt blev grundlag for en egentlig dom.

29. august 1943 blev Horserødlejren overtaget af tyskerne, samtidig med at det lykkedes 95 internerede at flygte over hegnet. De resterende blev deporteret til KZ- lejeren i Stutthof.

I september 1943 blev ca. 120 intellektuelle, politikere og akademikere interneret i lejren som gidsler.

Fra oktober 1943 blev ca. 350 danske jøder interneret og i samme periode var også danske modstandsfolk interneret i Horserødlejren.

Fra april 1945 brugte tyskerne lejren til lazaretlejr for sårede tyske soldater.

Fra 15. august 1945 blev lejren brugt til internering af landssvigere, hvoraf de sidste blev udvist i 1956.

Det danske fængselsvæsen overtog Horserødlejren i 1947 for bl.a. tuberkuloseramte mandsfanger.

I 1947 blev Sundholms Kvindefængsel nedlagt og de kvindelige fanger blev overført til Horserødlejren.